Em 1998 foi o técnico do Taguatinga no campeonato brasiliense e do Bom Jesus Esporte Clube no campeonato goiano da Primeira Divisão.
Mozair foi o técnico vice-campeão brasiliense de 1999 dirigindo o Dom Pedro II, enfrentando uma grande dificuldade: desde o começo da competição comandou treinos apenas de manhã, porque alguns jogadores tinham outros empregos. Ainda assim, o Dom Pedro II teve a segunda melhor campanha, atrás apenas do Gama. Em uma das semifinais, por problemas disciplinares, Mozair foi punido pelo Tribunal de Justiça Desportiva da Federação Metropolitana de Futebol e ficou afastado.
Também passou pelo futebol goiano, sendo treinador do Itumbiara na Primeira Divisão e do Bom Jesus na Segunda Divisão do Campeonato Goiano, no segundo semestre.
No 1º semestre de 2000 Mozair treinou o Guará e a Associação Esportiva Comercial Bandeirante, ambas pelo campeonato brasiliense. No segundo, voltou a treinar o Bom Jesus na Segunda Divisão do Campeonato Goiano.
Começou o ano de 2001 sendo treinador da Anapolina, de Anápolis (GO), na Taça São Paulo de Futebol Junior.
Depois dirigiu Dom Pedro II no campeonato brasiliense da 1ª Divisão e o Luziânia no campeonato da Segunda.
No futebol goiano trabalhou como treinador do Bosque Futebol Clube, de Formosa, e da Associação Atlética Alexaniense, no Campeonato Goiano da Segunda Divisão.
Dirigiu o Bosque, de Formosa (GO), no Campeonato Brasiliense da Segunda Divisão de 2002 e por pouco não promoveu o clube à Primeira Divisão, ficando em terceiro lugar (apenas dois clubes foram promovidos). Também em 2002 foi técnico da equipe de juniores do Brasiliense.
Em 2003, no Luziânia, disputou a Primeira Divisão do Campeonato Brasiliense e ficou com o 4º lugar.
No mesmo ano, treinou o Paranoá Esporte Clube, tornando-se vice-campeão da Segunda Divisão do DF, garantindo o acesso do clube à Primeira Divisão.
Foi o treinador do Guará no Campeonato Brasiliense da 1ª Divisão de 2004. Também neste ano, dirigiu o Caldas Novas Esporte Clube na 2ª Divisão de Goiás.
Na Sociedade Esportiva Santa Maria, sagrou-se vice-campeão da Segunda Divisão do DF, garantindo acesso ao clube e formando uma inusitada parceria como sócio do presidente Erivaldo Pereira.
Essa parceria continuou em 2005, quando Mozair continuou como treinador do Santa Maria e também como cartola e dono de 50% dos lucros da equipe.
No segundo semestre de 2005, pelo terceiro ano seguido começou a trabalhar em um clube da Segunda Divisão do DF, quando assumiu o comando do Cruzeiro. Dessa vez não conseguiu fazer com que o clube dirigido por ele conseguisse uma das vagas para a Primeira Divisão do DF (a missão de Mozair neste ano era bem mais complicada; com o enxugamento da elite local, apenas um dos oito concorrentes subiria para o campeonato de 2006.)
No 1º semestre de 2006 Mozair foi o treinador do Guará em poucos jogos da 1ª Divisão do Campeonato Brasiliense. No segundo, dirigiu o Esportivo, do Guará. No dia 28 de outubro de 2006, com arbitragem de Sandro Meira Ricci, o Esportivo venceu o Samambaia por 2 x 1 e conquistou o campeonato brasiliense da Segunda Divisão.
Em 2007 Mozair trabalhou em três clubes: inicialmente, foi treinador do Unaí/Itapuã na Primeira Divisão do Campeonato Brasiliense. Depois foi o técnico do Capital Clube de Futebol na Segunda Divisão do DF. Completou a temporada dirigindo o Esportivo, do Guará, na Série C do Campeonato Brasileiro.
Voltou a treinar o Unaí/Itapuã no Campeonato Brasiliense da Primeira Divisão de 2008. No segundo semestre, passou a treinador do Clube de Regatas Guará na Segunda Divisão do Campeonato Brasiliense.
Mozair começou o ano de 2009 como treinador do Brazlândia, no Campeonato Brasiliense da Primeira Divisão. Depois que saiu desse clube, foi contratado às pressas pelo Ceilândia com o objetivo de livrar o time do rebaixamento. A campanha até esse momento era de apenas duas vitórias nos doze jogos que o Ceilândia havia disputado. Faltavam apenas duas rodadas para essa definição: um jogo contra o Luziânia no Serra do Lago, e o outro com o Brasília (que acabaria o campeonato com o vice-campeonato). Venceu os dois por 2 x 1 e permaneceu na Primeira Divisão do DF.
Logo depois, recebeu um convite para ser o treinador do Tubarão Esporte Clube, de Palmas (TO). Dirigiu essa equipe em apenas quatro jogos e voltou para Brasília por falta de estrutura do time de Tocantins.
Quando começou o Campeonato Brasiliense de 2010, Mozair Barbosa não treinava nenhum dos oito clubes participantes. No dia 4 de abril de 2010, já pela Segunda Fase do campeonato, assumiu o comando do Atlético Ceilandense, substituindo João Carlos Cavalo, que deixou o clube após dois jogos sem vitórias no quadrangular semifinal. Devido ao pouco tempo que teve para trabalhar, Mozair não conseguiu fazer com que o Atlético Ceilandense ficasse com uma das duas vagas para a decisão do campeonato.
Mozair também não dirigiu nenhum clube da Primeira Divisão no Campeonato Brasiliense de 2011. No dia 12 de outubro de 2011 ele estreou como técnico à frente do Capital/Cristalina, substituindo Reinaldo Gueldini, em jogo válido pelo Campeonato Brasiliense da Segunda Divisão. No final do campeonato, seu clube não conseguiu ficar com uma das duas vagas para ascender à Primeira Divisão (ficou em terceiro lugar).
O ano de 2012 foi o último de Mozair Barbosa trabalhando como técnico de futebol. Iniciou dirigindo o Capital no campeonato brasiliense da Primeira Divisão. Depois de apenas três jogos deixou o Capital, passou um tempo afastado e retornou para ser o treinador do Botafogo-DF nas três últimas partidas desse mesmo campeonato. Em uma delas, no dia 22 de abril de 2012, o Botafogo-DF venceu o Brasiliense por 2 x 1. A última vez que Moacir Barbosa esteve em campo como treinador foi em 29 de abril de 2015, quando o Botafogo-DF foi derrotado pelo Legião, por 4 x 1.
Hoje Mozair Barbosa mantém uma escolinha de futebol no Jardim Botânico.
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Recebendo um prêmio das mãos do Governador Roriz |
Mozair Barbosa tem entre seus prêmios o Troféu Mané Garrincha como ?Melhor Treinador do Ano? em 1995 e 2005 e o Troféu Imprensa nos anos de 2003 e 2005.