Com o presidente do clube, Froylan Pinto como técnico, o Taguatinga teve nas duas partidas finais a seguinte formação: Nilton, Márcio Franco, Zinha, Gilson (Jânio) e Almir; Sílvio, Marquinhos Carioca (Paulo Lima) e Tuta; Niltinho (Palhinha) (Rogerinho), Joãozinho e Marquinhos.
Após o tricampeonato de 1993, o Taguatinga nunca mais foi o mesmo. Nos anos de 1994 e 1995 realizou péssimas campanhas, chegando na sexta e oitava colocações, respectivamente, em ambos os campeonatos com mais derrotas que vitórias.
O Taguatinga representou o futebol brasiliense na Copa do Brasil de 1994. Na primeira fase teve como adversário o Bahia, de Salvador (BA). Perdeu os dois jogos e foi eliminado.
O Taguatinga também foi o representante do Distrito Federal no Campeonato Brasileiro da Série C de 1994, que contou com a participação de 41 clubes na Primeira Fase, separados por onze grupos. Fez parte do Grupo 7, juntamente com Vila Nova e Atlético Goianiense, de Goiânia (GO) e o União Araguainense, de Araguaína (TO).
O Taguatinga ficou na segunda colocação e passou para a Segunda Fase, onde os 32 classificados foram agrupados em chaves de 2 clubes, com jogos eliminatórios, com os vencedores avançando. Em caso de igualdade de resultados, aconteceria disputa de pênaltis.
O Itumbiara, de Goiás, foi o adversário do Taguatinga, que se classificou após um empate fora e uma vitória em casa.
Na Terceira Fase os 16 classificados foram divididos em 8 chaves de 2 clubes, novamente com jogos em eliminatórias simples, com os vencedores avançando. Em caso de igualdade de resultados, disputa de pênaltis. O Taguatinga teve como adversário o Novorizontino, de São Paulo e, após dois jogos (derrota em casa e empate fora), foi eliminado da competição.
O jogo disputado no dia 9 de novembro de 1994, no estádio Jorge de Biasi, em Novo Horizonte (SP), foi o último da história do Taguatinga válido pelo Campeonato Brasileiro. Naquele dia, o Taguatinga empatou em 1 x 1 com o Novorizontino, formando com Tobias, Márcio Franco, Zinha, Marião e Márcio da Guia (Gilson); Sílvio, Marco Antônio (Jackson), Marquinhos e Vital; Joãozinho e Tuta. O técnico foi Froylan Pinto.
A decadência do Taguatinga foi evidenciada no ano de 1996, quando o clube chegou na 11ª posição no Campeonato Brasiliense, sendo, pela primeira vez em sua história, rebaixado para a Segunda Divisão do DF (quatorze clubes disputaram a competição e os seis últimos passariam a disputar o Torneio de Descenso, que apontaria os quatro clubes a serem rebaixados). Taguatinga e Ceilândia decidiram não participar da competição.
A situação do clube era tão grave que em 3 de junho de 1996 aconteceu pela primeira vez na história do futebol do DF o ?impeachment? de um presidente de clube de futebol por irregularidades contábeis. Reunido nesse dia, o conselho deliberativo do Taguatinga Esporte Clube afastou o presidente Edmilton Gomes de Oliveira com base em auditoria feita pelo conselho fiscal na prestação de contas do período 1994/1995. Edmilton Gomes de Oliveira estava na presidência do Taguatinga desde dezembro de 1994, substituindo Froylan Pinto.
No ano seguinte, 1997, o Taguatinga retornou à Primeira Divisão do Campeonato Brasiliense, ao ficar em segundo lugar no certame da Segunda, disputado por sete equipes.
Realizou uma boa campanha em sua volta à Primeira Divisão do DF, em 1998, ficando com a terceira colocação na classificação final. Participou da Fase Final do campeonato, que reuniu Gama, campeão do 1º Turno, Guará, campeão do 2º e Ceilandense e Taguatinga, por índice técnico. Gama e Guará entraram com dois pontos de bonificação por terem vencido um turno cada.
Em 1999 o Taguatinga amargou outro rebaixamento, ficando na lanterna (10º lugar) do campeonato, vencendo apenas dois dos dezoito jogos que disputou.
O último jogo da história do Taguatinga aconteceu no dia 6 de junho de 1999. Já rebaixado para a Segunda Divisão, empatou com o Brasília em 3 x 3, no estádio Augustinho Lima, em Sobradinho. Marcaram os gols do Taguatinga André, aos 38 minutos do 1º tempo e Jackson, duas vezes, aos 40 e 44 do segundo. Formou o Taguatinga com Capucho, Charles, Junior, Cuca e Fred; Bira, Marquinhos, André (Pit) e Dequinha; Jackson e Jairo (Amaral). O técnico foi Francisco Ubiraci de Oliveira, o Bira.
Logo depois, o Taguatinga desativaria seu departamento de futebol, principalmente após a saída do homem forte do clube, Froylan Pinto, e pelas más administrações que geraram enormes dívidas. Todo o clube foi fechado, as piscinas desativadas.
Apesar de constar como licenciado na Federação Brasiliense de Futebol, nunca mais se havia falado em previsão de volta do Taguatinga. Até que, no último dia 3 de junho de 2015, durante o Conselho Arbitral para definir a tabela da Segunda Divisão do Campeonato Brasiliense de 2015, surgiu a notícia de um possível retorno do Taguatinga Esporte Clube depois de um longo tempo de inatividade em competições locais e nacionais. O Clube Atlético Bandeirante, através do seu presidente Edmilson Marçal, comunicou que já iniciou o processo para a alteração em seu nome de fantasia. Sairia o Bandeirante para a entrada do Taguatinga. Até o momento, a Federação Brasiliense de Futebol não confirmou a mudança. Edmilson Marçal confirmou durante o arbitral que o nome Bandeirante não existe mais judicialmente, mas sim a alcunha de Taguatinga Esporte Clube. Além disso, confirmou que o presidente da Federação Brasiliense de Futebol, Jozafá Dantas, lhe prometeu que irá fazer o pedido de isenção da taxa de R$ 10 mil junto à Confederação Brasileira de Futebol - CBF, da mesma maneira que ocorreu no ano passado com o clube mineiro Paracatu.
Tal fato foi registrado em ata, mas não se chegou a efetuar a solicitação do Bandeirante. Naquele momento, para os documentos oficiais, quem entrará em campo é o Bandeirante.
Dias depois, a CBF, em conjunto com a Federação Brasiliense de Futebol, homologou a mudança do nome de Bandeirante para Taguatinga. Em um primeiro momento, a diretoria do clube revelou que o time iria se chamar Taguatinga Esporte Clube, mas teve seu nome registrado como Clube Atlético Taguatinga.
Durante esse período, também surgiu a notícia de que o Taguatinga Esporte Clube cogita retornar ao futebol nas próximas temporadas. Caso o faça, deverá retornar na Terceira Divisão, que ainda se encontra em estudos na FBF.